Niklas Schlegel wechselte 2006 im Alter von zwölf Jahren in die Organisation der ZSC Lions, 2014 feierte er den Einstand in der NLA. Seither hütete Schlegel in der Schweizer Meisterschaft 60-mal das Tor der Zürcher. Während der laufenden Saison kam der 22-Jährige bis anhin auf 13 Einsätze.
Neben zwei Meistertiteln mit den Elite A-Junioren gehört der Gewinn des Schweizer Cup im Jahr 2016 zu den grössten bisherigen Erfolgen von Niklas Schlegel im Trikot der ZSC Lions.